Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法

Bioconda でインストールした salmon コマンド実行に libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object とエラーが出力されたときの対処方法

Clock Icon2023.06.16

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Bioconda(conda 環境)でsalmonパッケージをインストールし実行すると下記のエラーが発生しsalmonコマンドが実行できませんでした。切り分けした内容と修正方法を紹介します。

$ salmon -v                                                       (bioconda)
salmon: error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory

確認結果

動作確認の取れたバージョン0.13.1をインストールして解決。

conda install salmon=0.13.1 -y

※ 現時点の最新バージョン1.10.1はインストールに失敗しました

状況

conda install salmonでインストールされたsalmonのバージョンは0.6.0でした。

$ conda list | grep salmon                                                          (bioconda)
salmon                    0.6.0                         1    bioconda

検証環境

t3.medium でconda installを実行していると CPU 使用率が跳ね上がりSSH接続、セッションマネージャー接続が切れることがよくあります。

Name Version
OS Ubuntu 22.04 LTS
conda 23.5.0
Instance Type t3.medium

切り分けの過程

一度salmonパッケージを削除しました。

$ conda uninstall salomon -y

以下の Issue を参考に切り分けをはじめます。

bioconda install doesn't work if channels aren't set up correctly · Issue #480 · COMBINE-lab/salmon

チャネルを指定してインストール(失敗)

仮想環境は既存の環境(biocondaと名付けている環境)を利用したいため、Issue で紹介されていた以下のコマンドを参考に

conda create -n slm3 -y -c conda-forge -c bioconda salmon

conda installとして実行してみました。

$ conda install -c conda-forge -c bioconda salmon -y

インストールされたバージョンは同じでした。

$ conda list | grep salmon                                                          (bioconda)
salmon                    0.6.0                         1    bioconda

実行すると同様のエラーで失敗しましました。

$ salmon -v                                                       (bioconda)
salmon: error while loading shared libraries: libboost_iostreams.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory

仮想環境から作り直す(成功)

Issue で紹介されている通りに試してみます。

$ conda create -n slm3 -y -c conda-forge -c bioconda salmon
$ conda activate slm3
$ salmon

チャンネル設定は以下となっています。

$ conda config --get channels                                                           (slm3)
--add channels 'defaults'   # lowest priority
--add channels 'bioconda'
--add channels 'conda-forge'   # highest priority

インストールされたsalmonのバージョンは0.13.1で新しいバージョンになっています。

> conda list | grep salmon                                                              (slm3)
salmon                    0.13.1               h86b0361_0    bioconda

コマンドが実行できました。

> salmon -v                                                                             (slm3)
salmon 0.13.1

salmonのバージョンが0.6.0は実行に問題があり、0.13.0であれば問題ないことがわかりました。

インストール手順を確立する

バージョン未指定だと0.6.0がインストールされ、コマンドの実行に失敗するため特定のバージョンを指定してインストールする方針とします。

新しく仮想環境nextflowを作成し Bioconda 環境を一からセットアップしsalmonインストール手順を確認します。

conda create -n nextflow
conda activate nextflow

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

動作実績のある0.13.1のバージョンを指定してインストールします。

conda install salmon=0.13.1 -y

コマンドの実行に成功しました。

$ salmon -v                                                                         (nextflow)
salmon 0.13.1

仮想環境を新規作成しsalmonコマンド実行成功まで再現性のある手順を確認できました。

最新バージョンをインストール(失敗)

現時点のsalmonの最新バージョンは1.10.1でした。

$ conda search salmon                                                                            (bioconda)
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel
salmon                         0.5.1               0  bioconda
salmon                         0.6.0               0  bioconda
salmon                         0.6.0               1  bioconda
salmon                         0.6.0     boost1.60_1  bioconda
salmon                         0.6.0     boost1.60_2  bioconda
salmon                         0.7.2     boost1.60_2  bioconda
salmon                         0.7.2     boost1.60_3  bioconda
salmon                         0.7.2     boost1.61_3  bioconda
salmon                         0.8.0     boost1.60_0  bioconda
salmon                         0.8.0     boost1.61_0  bioconda
salmon                         0.8.1               0  bioconda
salmon                         0.8.2               0  bioconda
salmon                         0.8.2               1  bioconda
salmon                         0.9.0               0  bioconda
salmon                         0.9.1               0  bioconda
salmon                         0.9.1               1  bioconda
salmon                        0.10.0               1  bioconda
salmon                        0.10.1               1  bioconda
salmon                        0.10.2               1  bioconda
salmon                        0.11.0      h445c947_0  bioconda
salmon                        0.11.1      h445c947_0  bioconda
salmon                        0.11.2      h445c947_0  bioconda
salmon                        0.11.3      h86b0361_1  bioconda
salmon                        0.11.3      h86b0361_2  bioconda
salmon                        0.12.0      h86b0361_1  bioconda
salmon                        0.13.0      h86b0361_1  bioconda
salmon                        0.13.0      h86b0361_2  bioconda
salmon                        0.13.1      h86b0361_0  bioconda
salmon                        0.14.0      h86b0361_0  bioconda
salmon                        0.14.0      h86b0361_1  bioconda
salmon                        0.14.1      h86b0361_0  bioconda
salmon                        0.14.1      h86b0361_1  bioconda
salmon                        0.14.1      ha0cc327_2  bioconda
salmon                        0.14.2      ha0cc327_0  bioconda
salmon                        0.14.2      hf69c8f4_1  bioconda
salmon                        0.15.0      hf69c8f4_0  bioconda
salmon                         1.0.0      hf69c8f4_0  bioconda
salmon                         1.1.0      hf69c8f4_0  bioconda
salmon                         1.2.0      hf69c8f4_0  bioconda
salmon                         1.2.1      hf69c8f4_0  bioconda
salmon                         1.3.0      hf69c8f4_0  bioconda
salmon                         1.4.0      h84f40af_1  bioconda
salmon                         1.4.0      hf69c8f4_0  bioconda
salmon                         1.5.0      h84f40af_0  bioconda
salmon                         1.5.1      h84f40af_0  bioconda
salmon                         1.5.2      h84f40af_0  bioconda
salmon                         1.6.0      h84f40af_0  bioconda
salmon                         1.7.0      h10bb6b4_1  bioconda
salmon                         1.7.0      h84f40af_0  bioconda
salmon                         1.8.0      h7e5ed60_0  bioconda
salmon                         1.8.0      h7e5ed60_1  bioconda
salmon                         1.9.0      h7e5ed60_0  bioconda
salmon                         1.9.0      h7e5ed60_1  bioconda
salmon                        1.10.0      h7e5ed60_0  bioconda
salmon                        1.10.1      h7e5ed60_0  bioconda
salmon                        1.10.1      h7e5ed60_1  bioconda
salmon                        1.10.1      hecfa306_2  bioconda

1.10.1を指定してインストールするとインストールができませんでした。

$ conda install salmon=1.10.1 -y                                                                 (nextflow)
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: unsuccessful attempt using repodata from current_repodata.json, retrying with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: \ unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.

CondaError: KeyboardInterrupt

salmonコマンド実行できれば良いので深追いはしませんでした。

まとめ

動作確認の取れたバージョン0.13.1をインストールして解決。

conda install salmon=0.13.1 -y

※ 最新バージョン1.10.1はインストールに失敗しました

おわりに

Bioconda を利用すれば簡単にバイオインフォマティクスツールのインストールができるものだと思っていたのですが、思いの他手こずりました。salomonコマンドが実行できるまで手順の備忘録でした。

参考

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